生化处理机添加的微生物制剂是由自然界中的放线菌、乳酸菌、酵母菌、细菌等多种微生物经过筛选、分离、培养、驯化、伍配等步骤，组成高 效分解有机物的微生物群体（一般为好氧或兼氧菌），制剂成品可以是冻干粉、悬浊液或附着于固态载体。生化处理机使用的微生物制剂被约定俗称为“菌种”，这种菌种可以高 效率地分解各类有机垃圾，如厨余垃圾、果皮、粪便、庭园垃圾、动物尸体等。

生化处理机主要用于分解处理易腐有机垃圾（简称有机垃圾、又称食物垃圾、俗称湿垃圾）。将有机垃圾投入生化处理机、加入菌种并搅拌均匀后，控制相应的温度、湿度和通风供氧条件，菌种会释放出大量的酶，将大分子有机物分解为糖、脂肪酸和氨基酸等短链的低分子有机物，菌种以此为养分代谢出水、气体和生物热能，同时以几何级数迅速繁殖。如此菌种可以周而复始地不断“吃”掉新投入的有机垃圾。随着代谢产物的累积，菌种会逐渐老化，一般经过数月至一年，需要在生化处理机中投入新的菌种。通常菌种对有机垃圾的分解速度为12～48小时，平均约24小时，残渣率为10%～20%。生化处理机排出的残渣可作为有机肥料或饲料添加剂，产生的水分可以通过表面蒸发、循环调湿或直接排出，产生的气体中可能会含有H2S、NH3等恶臭物质，可以通过高温分解除臭或喷淋塔生物脱臭，也有的将脱臭微生物直接配入菌种，而使排出的气体不含恶臭物质。

生化处理机在搅拌、控制温度、保持湿度、通风供氧、脱臭等过程中需要耗费较多电能，也有菌种称不需使用电能控制温度和脱臭，但进行适当的破碎和脱水的前处理工艺有时也是必要的。